Založením akciové společnosti Unipetrol v roce 1994 byl naplněn jeden z postupných koncepčních kroků privatizace českého petrochemického průmyslu. Unipetrol měl spojit vybrané české petrochemické firmy do uskupení, které by bylo schopno konkurovat silným nadnárodním koncernům. Majoritním akcionářem společnosti byl se 63 procenty akcií český stát, reprezentovaný Fondem národního majetku. Zbylé akcie vlastnily investiční fondy a drobní akcionáři. Podle původní koncepce měl být podíl státu ve společnosti privatizován.
Do Unipetrolu byly postupně začleněny akciové společnosti Kaučuk, Chemopetrol, Benzina, Paramo, Koramo, Česká rafinérská, Unipetrol Trade, Spolana a Unipetrol Rafinérie.
Od 1. 1. 1996 se vyčlenily rafinérie ze společností Chemopetrol v Litvínově a Kaučuk v Kralupech do společnosti Česká rafinérská.
2003 - Sloučení společností Koramo a Paramo. Nástupnickou společností se stala společnost Paramo.
2004 - Podpis smlouvy mezi společností PKN ORLEN a Fondem národního majetku o prodeji 63 % akcií společnosti Unipetrol.
2006 - Prodej majoritního podílu v dceřiné společnosti Spolana polské společnosti Zaklady Azotowe ANWIL.
V roce 2006 vykázal Unipetrol výnosy ve výši 95 mld. Kč a jeho čistý zisk činil 1,6 mld. Kč.
2007 - Prodej dceřiné společnosti Kaučuk polské společnosti Firma Chemiczna Dwory. Zahájení činnosti nové dceřiné společnosti Unipetrol Services. Změna právní formy společnosti Unipetrol Doprava, Benzina a Petrotrans z akciových společností na společnosti s ručením omezeným. Založení společnosti Butadien Kralupy, jejímiž akcionáři jsou Unipetrol (51 %) a Kaučuk (49 %). Sloučení dceřiných společností Chemopetrol a Unipetrol Rafinérie se společností Unipetrol RPA. Společnost Unipetrol koupila od firmy CONOCOPHILLIPS akcie, představující 0,225% podíl na základním kapitálu České rafinérské. Společnost Unipetrol získala od společností skupiny MEI 14,51 % akcií společnosti Paramo.
V roce 2007 vykázal Unipetrol výnosy ve výši 89 mld. Kč a jeho čistý zisk činil 1,2 mld. Kč, čímž se skupina řadí mezi největší firmy v České republice a také mezi nejvýznamnější vývozce.
2008 - Vypořádání prodeje akcií společností Agrobohemie a Synthesia na základě smluv o koupi akcií mezi společnostmi Unipetrol a Deza. Společnost Unipetrol vlastnila 50 % akcií společnosti Agrobohemie a 38,79 % akcií společnosti Synthesia. Kupní cena za 47 000 akcií společnosti Agrobohemie činila celkem 503 miliónů Kč. Kupní cena za 27.977.162 akcií společnosti Synthesia činila celkem 680 miliónů Kč.
